John Martin Littlejohn wurde am 15.2.1866 als Sohn eines presbyterianischen Pfarrers in Glasgow geboren. Er war hochintelligent, eher introvertiert mit anfälliger Gesundheit und litt unter dem rauen, schottischen Klima.
Er studierte an der Universität in Glasgow und schloss seine Studien in Theologie, Jura, Medizin, Philosophie und Soziologie ab. Während dieser Zeit kam es zu einem schweren Unfall, als dessen Folge Littlejohn unter wiederkehrenden Blutungen im Hals und unter Kopfschmerzen litt.
1892 wandert er nach Amerika aus. Seine beiden Brüder James und William begleiten ihn. An der Columbia University in New York setzte er seine Studien fort.
Im Zeitraum von 1894 bis 1897 leitete er das Amity College in College Springs in Iowa.
Aufgrund seiner anhaltenden gesundheitlichen Beschwerden ließ er sich 1897 in Kirksville von Dr. Andrew Taylor Still behandeln. Bereits wenige Behandlungen führten zu einer deutlichen Linderung seiner Symptome. Da Still dringend qualifizierte Lehrer an seiner American School of Osteopathy benötigte, bot er Littlejohn und seinen Brüdern eine Anstellung an.
1898 begann Littlejohn mit der Arbeit als Professor für Physiologie und Psychologie.
Er gab der Osteopathie eine wissenschaftlich orientierte Struktur. Anhand von Studien wurden empirisch gewonnene Thesen überprüft.
Innerhalb der Fakultät gab es bald einen tiefen Konflikt: Still und seine Anhänger betrachteten die Anatomie als wesentlich, Littlejohn und seine Brüder betrachteten die Physiologie als Kern der Osteopathie. Zusätzlich gab es noch den Konflikt zwischen den akademisch gebildeten Ärzten und den praxisorientierten Osteopathen.
1900, im Jahr in dem er seine Frau Mabel Alice heiratete, verließ Littlejohn aufgrund der vorgenannten Konflikte Kirksville und gründete in Chicago das „Chicago College of Osteopathy“, welches sich schnell zum wissenschaftlichen Zentrum der Osteopathie entwickelte.
Der Flexner Report sah die sich stark ausweitende Osteopathie, Chiropraktik und Homöopathie kritisch. In der Folge gab es staatliche Förderungen nur noch für jene Institutionen, die universitäre Standards und Curricula nachweisen konnten.
1913 zieht Littlejohn mit seiner inzwischen achtköpfigen Familie nach Bagger Hall nahe London.
1917 gründet er die British School of Osteopathy (BSO) in London, deren Lehrbetrieb 1922 begann.
1935 kam es auch in England zu Angriffen der British Medical Association gegen alternative Behandlungsansätze. In der Folge wurde der Osteopathie die Anerkennung verweigert und Littlejohn zu Unrecht als unehrenhaft bezeichnet.
1940 verkauft er seine Anteile an der BSO und zieht sich nach Bagger Hall zurück, wo er am 8. Dezember 1947 verstarb.